Afin d’organiser la gestion des pêches, l’océan est délimité en plusieurs zones, sous-zones, divisions et sous-divisions qui sont reconnues par l’Organisation des nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). Correspondant aux différents bassins de pêche, ces espaces permettent sur la durée une meilleure observation de l’abondance ou non des différentes espèces qui l’habitent.
Ainsi, la zone FAO 27 correspond aux eaux qui jouxtent les côtes européennes en Atlantique Nord Est, de la Mer de Barents à l’archipel des Açores. Elle comprend 14 sous-zones, ainsi que 99 divisions et sous-divisions. Les quotas réservés aux sous-zones VI (Nord Ouest des îles Britanniques), VII (Manche et Mer Celtique) et VIII (Golfe de Gascogne) sont particulièrement observés au sein des pêcheries bretonnes. A chacune de ces zones géographiques sont allouées annuellement des TAC selon les espèces qui peuvent y être capturées.
Une des principales difficultés provient du fait que beaucoup d’espèces, tout particulièrement les poissons pélagiques, qui vivent dans la colonne d’eau, franchissent allègrement ces frontières virtuelles. Voilà aussi pourquoi des organisations régionales de gestion des pêches (ORGP) peuvent intervenir pour la gestion multilatérale des pêcheries qui exploitent des espèces largement réparties en haute mer, souvent hors de la zone économique exclusive communautaire. Depuis 1969, la Commission internationale pour la conservation des thonidés de l’Atlantique (CICTA ou ICCAT en anglais) gère directement une trentaine d’espèces (thon rouge, thon blanc, thon listao, thon albacore…) que ciblent plusieurs pays de l’Union européenne.
Une autre difficulté majeure vient du fait qu’à chaque zone correspond aussi des règles de souveraineté diverses. Le contrôle des pêches répond à une réglementation européenne très stricte (suivi satellitaire obligatoire par VMS pour les navires de plus de 12 mètres, journal de bord électronique), mais son application sur le terrain n’est pas toujours simple. Une réalité qui est avérée dans les eaux internationales, mais aussi intra-communautaires. Créée en 2005 et implantée à Vigo en Espagne, l’Agence européenne de contrôle des pêches (ou EFCA en anglais) doit faire en sorte que les règles de la politique commune de la pêche soient respectées et appliquées de manière efficace. Il demeure que les moyens opérationnels mis en œuvre ne sont pas identiques d’un État membre à l’autre. En France par exemple, plusieurs administrations s’avèrent compétentes dans le domaine de la pêche : la Marine nationale, les Affaires maritimes, la gendarmerie maritime, les douanes.
Une fois qu’ils ont été attribués, les quotas font ensuite l’objet en France d’une gestion collective par l’intermédiaire des organisations de producteurs (OP) qui se voient confiés des sous-quotas. On dénombre une douzaine de ces instances professionnelles qui sont le plus souvent attachées à un territoire (From Nord, OP Basse Normandie, Les Pêcheurs de Bretagne, From Sud-Ouest, etc.), sinon à une pêcherie spécifique (Orthongel). Ces structures ont à charge d’établir des plans de gestion des sous-quotas entre leurs adhérents, l’idée consistant à les atteindre sans les consommer trop rapidement afin d’équilibrer les exploitations. La répartition initiale entre les OP et les producteurs dépend du critère des « antériorités » qui ont été déterminées d’après le niveau de capture des navires selon des années de référence.